Mikroarray ve RNA Dizilemesi Arasındaki Fark | Mikroarray vs RNA Dizilemesi
Anahtar Difference - Microarray vs RNA Sequencing
Transkriptom, mRNA, rRNA, tRNA, indirgenmiş RNA ve bozulmamış RNA da dahil olmak üzere bir hücrede bulunan RNA içeriğini temsil eder. Transkriptom profilleme, hücre içgörülerini anlamak için önemli bir süreçtir. Transkriptom profillemesi için birkaç gelişmiş yöntem vardır. Mikroarray ve RNA dizilimi, transkriptomu analiz etmek için geliştirilen iki teknolojidir. Mikroarray ve RNA dizilimi arasındaki en önemli fark, RNA sekanslama, NGS gibi gelişmiş sıralama teknikleri ile cDNA iplikçiklerinin doğrudan dizilime dayandığı haliyle, mikrodizisinin önceden tasarlanmış etiketli probların hedef cDNA dizileri ile hibridizasyon potansiyeline dayandığıdır. Mikroarray diziler hakkında önceden bilgi ile gerçekleştirilir ve RNA dizilimi diziler hakkında önceden bilgi olmadan gerçekleştirilir.
İÇİNDEKİLER
1. Genel ve Anahtar Farkı
2. Microarray nedir
3. RNA Dizilemesi Nedir
4. Yan yana Karşılaştırma - Mikroarray vs RNA Dizilemesi
5. Özet
Mikroarray Nedir?
Microarray, bilim adamları tarafından transkriptom profillemesi için kullanılan sağlam, güvenilir ve yüksek verimli bir yöntemdir. Transkript analizinde en popüler yaklaşım. Bu, hibridizasyon problarına bağlı olan düşük maliyetli bir yöntemdir.
Teknik, numuneden mRNA'nın ekstraksiyonu ve toplam RNA'dan cDNA kütüphanesinin inşası ile başlar. Daha sonra katı bir yüzeyde (nokta matrisi) floresan etiketli önceden tasarlanmış problar ile karıştırılır. Tamamlayıcı sekanslar, mikrodizi içerisinde etiketli sondalarla hibridize olur. Ardından mikrodizin yıkanır ve taranır ve görüntü nicelenir. Toplanan veriler, göreli ifade profillerini elde etmek için analiz edilmelidir.
Mikroarray problarının yoğunluğu, numunedeki transkriptlerin miktarı ile orantılı olduğu varsayılır. Bununla birlikte, tekniğin doğruluğu, dizayn edilmiş sondalar, dizinin önceden bilgisi ve sondaların hibridizasyona olan bağlılığına bağlıdır. Dolayısıyla mikrodizil teknolojisinin sınırlamaları vardır. Mikroarray tekniği, düşük miktarda transkript ile gerçekleştirilemez. İzoformları ayırt etmede başarısız olur ve genetik çeşitlemeleri tanımlar. Bu yöntem, probların melezleştirilmesine bağlı olduğundan çapraz hibridizasyon, spesifik olmayan hibridizasyon vb. Gibi hibridizasyon ile ilgili bazı problemlermikroarray tekniğinde ortaya çıkar.
Şekil 01: Mikroarray
RNA Dizilimi Nedir?
RNA shotgun dizilemesi (RNA sekansı ) yakın zamanda geliştirilen bir bütün transkriptom sıralama tekniğidir. Transkriptom profillemesi için hızlı ve yüksek verimli bir yöntemdir. Doğrudan genlerin ifadesini nicelleştirir ve transkriptomun derin araştırılmasına neden olur. RNA sekansı önceden tasarlanmış problara veya dizilerin önceden bilgisine dayanmaz. Bu nedenle, RNA seq yöntemi, yeni genleri ve genetik varyantları tespit edebilen yüksek duyarlılık ve kabiliyete sahiptir.
RNA dizilendirme yöntemi birkaç adımla gerçekleştirilir. Hücrenin toplam RNA'sı izole edilmeli ve parçalanmış olmalıdır. Daha sonra, ters transkriptaz kullanarak, bir cDNA kütüphanesi hazırlanmalıdır. Her bir cDNA ipliği bağdaştırıcılarla bağlanmalıdır. Daha sonra bağlanmış fragmanların amplifiye edilmesi ve saflaştırılması gerekir. Nihayet bir NGS yöntemi kullanılarak, cDNA'nın dizilimi gerçekleştirilmelidir.
Şekil 02: RNA Sıralaması
Mikroarray ve RNA dizilimi arasındaki fark nedir?
- diff Makale Ortasından Önce Orta ->
Mikroarray vs RNA Sekanslama |
|
| Microarray sağlam, güvenilir, yüksek verimli bir yöntemdir. | RNA dizilimi, doğru ve yüksek verimli bir yöntemdir. |
| Maliyet | |
| Bu düşük maliyetli bir yöntemdir. | Bu pahalı bir yöntem. |
| Çok sayıda numunenin analizi | |
| Bu, çok sayıda numuneyi aynı anda analiz etmeyi kolaylaştırır. | Bu, çok sayıda numunenin analiz edilmesini kolaylaştırır. |
| Veri Analizi | |
| Veri analizi karmaşıktır. | Bu yöntemde daha fazla veri oluşturulur; Dolayısıyla süreç daha karmaşıktır. |
| Sıraların Ön Bilgisi | |
| Bu yöntem hibridizasyon problarına dayanır, bu nedenle gerekli bilgi dizileri bilgisi. | Bu yöntem önceki dizi bilgilerine bağlı değildir. |
| Yapısal Varyasyonlar ve Roman Genleri | |
| Bu yöntem yapısal varyasyonları ve yeni genleri tespit edemez. | Bu yöntem, gen eritme, alternatif ekleme ve yeni genler gibi yapısal değişimleri tespit edebilir. |
| Duyarlılık | |
| Bu, izoformların ekspresyonundaki farklılıkları tespit edemez, bu nedenle bu hassasiyet sınırlıdır. | Bu yüksek hassasiyete sahiptir. |
| Sonuç | |
| Bu sadece göreli ifade seviyelerine neden olabilir. Bu, gen ifadesinin mutlak miktar tayini işlemini yapmaz. | Mutlak ve göreli ifade seviyeleri verir. |
| Veri Yeniden İnceleme | |
| Yeniden analiz etmek için yeniden çalıştırılması gerekir. | Sıralama verileri yeniden analiz edilebilir. |
| Özel Personel ve Altyapı İhtiyacı | |
| Mikroarray için belirli altyapı ve personel gerekmez. | RNA dizilemesi için gerekli olan özel altyapı ve personel. |
| Teknik Konular | |
| Mikroarray tekniği, çapraz hibridizasyon, spesifik olmayan hibridizasyon, bireysel probların sınırlı algılama oranı gibi teknik konulara sahiptir. | RNA seküteri tekniği, çapraz hibridizasyon, spesifik olmayan hibridizasyon, sınırlı bireysel probların algılama hızı vb. |
| Biases | |
| Bu, hibridizasyona bağlı olduğu için önyargılı bir yöntemdir. | Mikro dizilimle karşılaştırıldığında önergeler düşüktür. |
Özet - Mikroarray ve RNA Dizilemesi
Mikroarray ve RNA sıralama yöntemleri transkriptom profillemesi için geliştirilmiş yüksek verimli platformlardır. Her iki yöntem de gen ekspresyonu profilleriyle oldukça ilişkili sonuçlar üretir. Bununla birlikte, RNA sekanslama, gen ekspresyon analizi için mikro array üzerinde avantajlara sahiptir. RNA dizilimi, düşük miktarda transkriptlerin mikrodiziden daha algılanması için daha hassas bir yöntemdir. RNA dizilemesi aynı zamanda izoformlar arasındaki ayrımı ve gen varyantlarının tanımlanmasını da sağlar. Bununla birlikte, RNA dizilimi, veri saklama zorlukları ve karmaşık veri analizi ile yeni ve pahalı bir teknik olduğu için, mikro array araştırmacıların ortak tercihidir.
Kaynaklar:
1. Wang, Zhong, Mark Gerstein ve Michael Snyder. "RNA-Seq: transkriptomikalar için devrimci bir araç. "Doğa değerlendirmeleri. Genetik. Ulusal Tıp Kütüphanesi, Ocak 2009. Web. 14 Mart 2017
2. Rogler, Charles E., Tatyana Çaykovskaya, Raquel Norel, Aldo Massimi, Christopher Plescia, Eugeny Rubashevsky, Paul Siebert ve Leslie E. Rogler. "RNA ifade mikrodizileri (REM), çeşitli biyolojik örneklerde gen ekspresyonundaki farklılıkları ölçmek için yüksek verimli bir yöntem. "Nükleik Asitler Araştırması. Oxford University Press, 01 Ocak 2004. Web. 15 Mart 2017
3. Zhao, Shanrong, Wai-Ping Fung-Leung, Anton Bittner, Karen Ngo ve Xuejun Liu. "Aktif T Hücrelerinin Transkriptom Profilinde RNA-Seq ve Mikroarray'in Karşılaştırılması. "PLOS ONE. Bilim Kütüphanesi, Ocak 2014. Web. 15 Mart 2017
Resim Nezaketleri:
1. “Dergisi. pcbi. 1004393. g002 "Malachi Griffith, Jason R. Walker, Nicholas C. Spies, Benjamin J. Ainscough, Obi L. Griffith - (CC BY 2. 5) tarafından Commons Wikimedia'da
2. "Microarray" Bill Branson (Fotoğrafçı) - Ulusal Kanser Enstitüsü (Kamu Alanı) Commons Wikimedia aracılığıyla
